尿道结石的治疗应根据尿道结石的大小、形态、部位，尿道局部病变以及有无并发症等情况决定，可以采用自行排石、尿道内注入麻醉润滑剂协助排石、尿道内原位或推入膀胱内型腔内碎石，或开放性的切开取石等多种方法。
对于新进入尿道较小的尿道结石，结石有自行排出的可能，或者经尿道注入利多卡因凝胶及其它润滑剂，将结石挤出。前尿道的结石可以经止血钳夹出，但切忌粗暴操作。后尿道的结石可先推至膀胱再行碎石治疗，如果结石过大，固定于后尿道不能推入膀胱，则考虑行内镜下经尿道的钬激光碎石术，具有损伤小、成功率高、并发症少的优点。开放性的手术仅适用于合并有尿道憩室，尿道狭窄、脓肿，尿道瘘等尿道、生殖道解剖异常的病例，以及医疗条件较差，无法实施腔内技术的地区。