长智齿牙疼，主要是由于智齿萌出过程中，智齿冠周炎导致的。下颌的智齿非常容易阻生，而导致牙齿不能完全萌出，或者在萌出过程中，牙冠有部分或者全部被牙覆盖，牙龈瓣与牙冠之间会有很深的盲袋，会导致食物以及细菌很容易存留在这里，再加上咀嚼食物对牙龈造成的损伤，形成局部的牙龈溃疡。
当全身的抵抗力下降，这时候细菌会增强毒力，引起局部的炎症发作，会表现为牙疼的情况，很多人认为是在长智齿的过程中出现牙疼，其实长智齿牙疼是由于发生了冠周炎的情况。
出现冠周炎的情况之后，可以通过用药以及局部的清洁，消退炎症之后尽早将智齿拔除，可以减少再次出现牙疼的情况。