肉芽组织增生依据患者的具体情况不同，可采取不同的处理方法：
一、如果伤口内肉芽组织增生，属于伤口恢复的正常现象，不需要特殊处理，如果伤口接近愈合时，仍然伴有肉芽组织的过度增生，需要进行适当的修剪，避免肉芽组织影响周边皮肤的愈合。
二、对于严重感染的伤口在恢复的过程中，伴有肉芽组织的异常增生，需要行局部肉芽组织切除送病理学检查，若确实发现有癌细胞，需要进行肿瘤细胞的根治性切除，切除全部增生的肉芽组织，同时结合局部的放疗、化疗治疗，避免肿瘤细胞造成全身的转移，从而危及患者的生命。