对于重离子治疗肿瘤的效果，看什么样的肿瘤，因为重离子治疗肿瘤，先要治局限性的肿瘤，不能是广泛转移的肿瘤，因为是局部控制的肿瘤。另外重离子控制的是顽固难治的肿瘤，效果会比一般的射线治疗要好，比一般的癌射线或适形调强的X线治疗好。
重离子治疗肿瘤的时候，可以不在乎是不是痒和贫血，就是完全能杀掉这些顽固的耐药肿瘤，即使是贫血也同样好，乏氧细胞也同样被杀掉，重离子治疗肿瘤必须是局部的进展肿瘤，因为局限期也可以保留器官，因此重离子治疗肿瘤可以保留器官，但重离子治疗不太适合术后做，因术后预防不可以过于强烈的治疗。