龟头上有小痘痘通常比较常见的原因是因为包皮龟头炎，包皮龟头炎通常好发于包皮过长以及包茎的男性。由于上述疾病的存在导致可以出现包皮垢聚集，从而引发细菌、真菌、支原体、衣原体、滴虫、霉菌等微生物的感染，从而造成包皮龟头炎症状的出现。
包括包皮的红、肿、皮疹，以及出现糜烂、溃疡，甚至可以导致阴茎的破溃不愈，可以采用外用的抗生素软膏，必要时服用口服药进行治疗。对于其他的原因，如性传播疾病或者珍珠样丘疹也可能有类似的表现。