尿蛋白的治疗首先是明确发生蛋白尿的原因，然后针对病因的处理。因为在蛋白尿的发生当中，其具体的原因可以分为生理性的和病理性的。生理性的原因往往见于剧烈运动、发热、寒冷、交感神经兴奋以及血管活性药物的应用。这一类蛋白尿一般是一过性的，当诱因去除以后就可自行消失。
而病理性的蛋白尿是多见于肾脏以及其他系统疾病对肾脏滤过的影响而造成的蛋白尿，在肾脏性的疾病中可以见于肾小球性的蛋白尿和肾小管性的蛋白尿。在其他系统对肾脏的影响当中可以见于溢出性蛋白尿、组织性蛋白尿，这一类蛋白尿往往是要针对病因进行处理，比如在肾脏疾病当中的蛋白尿，往往需要去肾内科就诊，而在其他系统的蛋白尿当中要根据具体疾病的性质在不同的专科进行就诊。
有一些蛋白尿，比如假性蛋白尿，是由于尿道内的异常分泌物增多引起，这类蛋白尿往往通过抗感染治疗以后蛋白尿可以自行消散。所以在蛋白尿发生当中，往往肾脏疾病出现了蛋白尿以及其他系统疾病对肾脏滤过的影响而产生蛋白尿，其处理起来相对较麻烦一些。