短效避孕药的危害在临床上有以下几点：1、由于含有雌性激素，所以可能会出现颜面部的色斑。2、由于雌激素的关系会导致水钠潴留，所以长期使用可以使体重增加，出现肥胖。3、由于短效避孕药是雌孕激素合剂，服用之后有可能会造成月经紊乱，出现不规则阴道流血，这就是短效避孕药的危害。如果吃的是紧急避孕药，是高效孕激素，很可能会造成内分泌紊乱而出现月经失调或者月经紊乱的情况，并且有可能会出现阴道出血，还可能会造成肝肾功能的损害。