子宫内膜异位症形成的原因很多，最多见的是经血倒流学说，也就是由于某种原因导致的经血引流不畅导致了子宫内膜异位症，比如说有些人子宫过度屈曲，经血引流不畅，可以引起经血倒流，有些人宫颈管先天狭窄，也可以造成子宫内膜异位症，特别是有些子宫畸形的人，子宫内膜异位症发生的几率会比较高。
另外某些宫腔操作过多时也可以导致子宫内膜异位症的发生，但不是所有的患者都是由于经血倒流导致，子宫内膜异位症还可因为遗传因素或者是感染因素导致，有些人是原因不清的免疫因素，还有些人是卵泡不破裂等等，所以子宫内膜异位症的原因非常多，每个人也各不相同，目前没有统一的说法。