腭裂的治疗应该采取以手术治疗为主，综合序列治疗的原则，其目的包括恢复接近正常的鼻、唇、腭部解剖形态；关闭腭部裂隙使口鼻腔隔开；延长软腭、缩小咽腔、重建良好的腭咽闭合功能，获得良好的语音效果；上颌骨及牙弓发育不受干扰，关系发育正常。要达到以上满意的手术效果，不仅与手术方式及技巧有关，也与手术年龄有关。
一、药物治疗
本病暂无药物治疗。
二、手术治疗
1、腭裂修复术：适用于无严重先天性其他脏器的异常，以及口腔呼吸道无明显感染的患者。其目的在于修复腭部的解剖形态以及生理功能，在延长软腭的同时需注意不损伤与腭部营养及运动有关的血管、神经及肌肉附着点，使术后软腭具有良好的活动度。手术时间应在语音开始发育前进行，或语音开始发育后越早越好，一般语音大约在出生后9个月开始发育。
2、牙槽嵴裂植骨术：适用于存在牙列错乱、牙槽突塌陷、牙弓异常的腭裂患者。临床实践证明，植骨能恢复上颌骨的连续性，使正畸矫治顺利进行，能使邻近裂隙的单尖牙从植骨部位萌出，并对中切牙起到骨性支持作用，从而矫正和防止了咬合紊乱及其继发的畸形。一般认为，最佳时间为9～11岁，不会影响上颌骨的发育。
3、咽成形术：适用于腭咽闭合功能不全的腭裂患者，其矫正手术咽成形术应在学龄前完成。
4、正颌手术：针对上颌骨发育不足的腭裂，需行外科正畸者，应在上颌骨生长发育停止后进行，即大约16岁以后。
三、心理治疗
心理治疗在腭裂患者的语音康复过程中是一项不容忽视的重要内容。腭裂儿童的语言问题需要家长们的关心，否则将使孩子减少适当的语言刺激或早期治疗、早期改善的机会。腭裂患者的语言心理障碍不仅影响着语音的发育，还影响着语音治疗效果。在语音发育过程中，心理障碍常使孩子恐惧开口说话，孩子不愿将自己的语言缺陷暴露给他人，因此回避社会活动和与他人交流，结果严重地影响了语音的正常发育。
四、其他治疗
1、语音训练：1岁以内不会讲话的腭裂患者在手术治疗以后，无需进行语音锻炼。但是对于已经存在不良发音习惯的患者，常常于术后2~3个月左右进行纠正训练，一般来讲，有效的语音训练进行6个月后即可初见成效。值得注意的是患者的上唇、切牙及牙槽嵴的畸形可影响正常地发出唇音、唇齿音和舌尖音，必须及时矫治。
2、正畸治疗：早期正畸治疗可以消除或对抗肌肉及周围组织对上颌骨各部分的不良影响，使位置异常的上颌骨组织复位，维持其正常的生长发育趋势。腭裂患者的治疗应是一个连续的过程，从唇腭裂患者出生至恒牙完全萌出，应根据各时期的特点制订相应的治疗方案，采用适当的矫治器以对抗不利于组织生长发育的力量。
3、腭裂的修复治疗：与早期正畸矫治不同，是在患者发育后期为矫治腭部缺损畸形、恢复语音功能而制作的修复体和阻塞器装置。