手足口疫苗接种后可能出现局部反应和全身反应，局部主要表现为接种部位红肿、硬结、肿胀、疼痛和瘙痒等。一般症状轻微的无需特殊处理，可自行缓解。而全身的反应主要表现为发热、腹泻、食欲不振、恶心、呕吐、烦躁不安、皮疹等，但大多为一过性的反应，如果宝宝出现持续发热、腹泻、恶心、呕吐、皮疹多等情况，应及时去医院就诊。
因为疫苗特性和受种者个体差异等因素，每个宝宝出现的不良反应不同，而在感冒时接种疫苗，疫苗的不良反应可能会和感冒的症状相混淆，所以接种疫苗时最好是健康的时候。接种手足口疫苗后，不能百分百保证不患手足口病，所以平时还要注意手卫生，加强营养，增强抵抗力。