囟门闭合早主要是对神经系统发育有严重的影响，轻症病例可表现仅有精细运动的协调障碍，严重病例可表现为严重的智能低下、惊厥的发作、脑性瘫痪、行为异常，多伴有注意力缺陷，甚至出去大脑强直表现。
囟门早闭的原因很多，最常见的是染色体的异常，成纤维细胞生长因子受体的基因的变异有关，这是属于原发性的囟门早闭。继发性的囟门早闭，有超过一百种以上的综合征，所以目前尚无特殊的药物治疗，主要是通过康复训练，抗癫痫药物的治疗及对症治疗。神经系统的远期预后与头围大小呈负相关，还有早期选择手术治疗的，比如对于防止颅内压增高，导致颅损伤和美容方面的影响，可以考虑外科手术，包括颅骨松解术、颅骨重建术等。