灌肠疗法能够治疗许多疾病具有独特的优势，但是如果操作不当或者患者体质比较弱，也会出现相应的并发症。比较常见的有虚脱，患者会突然出现头晕、恶心、面色苍白、全身冷汗，甚至晕厥等症状要及时中止灌肠。另外也会出现肛管直肠的损伤，由于灌肠的过程当中操作不当，可能会损伤直肠及肛管的黏膜皮肤导致出血。
另外，比较严重的并发症就是肠穿孔，一般会出现在高龄的患者当中，患者会突然出现面色苍白、出冷汗、脉搏细速、心慌、剧烈的腹痛等症状，一定要及时中止灌肠以检查明确诊断。此外，灌肠疗法还会出现大便失禁等症状，如果长期的持续性灌肠，在一些老年的患者容易出现大便失禁。