小孩的阴茎不发育，可进行以下处理：
第一、需要清楚小朋友处于生长发育的过程，不能片面根据某一时刻某个器官的大小来衡量是不是正常。如男孩的阴茎一般在7-12岁才开始第一个迅猛发展期，之后一直到18-19岁才能达到正常生殖系统发育完全。所以应该去做B超检查，判断是不是符合小孩当时所处年龄的生长发育标准。
第二、可能是皮下脂肪太多，乃至家长看到的是露在外面的部分，而忽略被脂肪遮挡住的部分，所以应该做B超检查。
第三、确实是有发育问题，需要查男性的雄激素、生长激素以及其他内分泌问题，考虑到因为异常的激素分泌或者基因的情况，比如性发育综合不良或者染色体问题而出现真正的性征异常，表现为阴茎发育异常。
综上所述，首先不要着急，因为小孩的发育有循环发育的指标，即神经系统-身高-生殖系统的顺序。其次排查是不是真的阴茎短小，一般可通过B超排查。如果遇到病理性情况，建议去内分泌科系统筛查病因。