链霉素最主要的副作用，是损害第八对脑神经即听觉神经，引起耳鸣、眩晕，运动时失去协调能力，严重者可出现听力下降，甚至失聪，孕妇如使用链霉素可经胎盘传给胎儿，导致先天性耳聋。对肾脏有损伤，肾功能不全患者不建议使用，老年患者如必须使用，也要谨慎或者减量使用。其他的不良反应还有过敏反应，一般发生过敏反应的几率比较低，可出现发热、药物性皮疹、剥脱性皮炎，严重者还可出现过敏性休克，还可在口唇周围及面部出现麻木感。一般链霉素的副作用在停药后可缓解，但神经性耳聋则很难治愈。