头孢克肟与头孢氨苄都是头孢菌素类抗生素，不能笼统的说哪一种更好，只能说针对的病原菌种类不一样，二者区别是以下几点：
1、头孢氨苄是属于口服第一代头孢类抗生素，在临床中应用比较早。头孢克肟是属于第三代的头孢类抗生素，发现的时间比较晚。
头孢氨苄对革兰氏阳性菌的作用很强，但是对革兰氏阴性菌的作用很弱。主要是针对一些革兰氏阳性菌引起的轻度、中度感染，如上呼吸道感染、耳鼻喉的感染、皮肤软组织感染等。
头孢克肟对革兰氏阴性菌的作用十分强大，对革兰氏阳性菌也有一定的作用，但效果不如头孢氨苄，所以更适用于一些阴性杆菌的感染，如胆道感染、泌尿道感染以及上下呼吸道感染等。
2、头孢氨苄有一定的肾毒性，而头孢克肟几乎是没有肾毒性，副作用是很小的。