对IgA肾病的最新治疗仍然是以IgA肾病所导致的病理损害程度，以及临床表现综合施治，因为IgA肾病是以肾小球的系膜区以免疫球蛋白IgA沉积为主，严重者会伴有新月体的形成小管萎缩和间质的纤维化。
治疗上对于IgA肾病，单纯的蛋白尿和反复血尿的患者，需要避免感染和劳累，注意寻找到感染灶，以保护治疗为主，而一旦发生IgA肾病有肾病综合征的改变，可以使用激素联合免疫制剂，而新型的免疫制剂包括马替麦考酚、环孢素、他克莫司、来氟米特等，也可以进行使用，在使用的过程中注意药物的副作用。一旦IgA肾病合并有肾功能不全，就要根据肾功能不全的分期，以及所伴有的并发症进行降氮治疗，控制血压，保护肾脏。