囊肿的治疗要看是哪里的囊肿，女性的内外生殖器，以及很多部位都是可以长囊肿的。外阴可能可能会有巴氏腺囊肿，阴道也可能会有阴道壁囊肿，宫颈会有纳氏囊肿，卵巢会有卵巢的子宫内膜异位囊肿、生理性囊肿和炎性囊肿，所以不同部位都会形成囊肿，不知道囊肿是在哪个部位，比较常见的囊肿指的是卵巢囊肿。
卵巢囊肿是妇科常见的疾病，包括生理性囊肿和病理性囊肿。其中生理性囊肿是在排卵过后形成的卵巢黄体囊肿，黄体囊肿一般不需要治疗。经过一段时间后复查，大多数会自行消失。卵巢的子宫内膜异位囊肿，如果长到5cm以上，或者出现一些严重的临床症状，往往需要进行手术治疗。手术治疗可以通过腹腔镜把囊肿拨除，尽量保留正常的卵巢组织，尤其是对于还没有生育的女性，将囊肿拨除以后，尽量保留卵巢组织，会保留卵巢功能，避免影响生育。但是卵巢巧克力囊肿是容易复发的，在术后还要给予一些药物进行巩固治疗，避免复发。