HLA-B27阴性的临床意义需要根据具体情况分析，不能够单纯以好或是坏而定。对于存在持续性下腰疼痛的患者，HLA-B27阴性也不能排除强直性脊柱炎，需要进一步完善C反应蛋白、骶髂关节CT或核磁检查辅助诊断。
HLA-B27的结果不是诊断强直性脊柱炎的唯一标准，对于存在有强直性脊柱炎家族史的人群而言，即使HLA-B27阴性也不能够放松警惕，因为目前研究发现，HLA-B27作为一种基因，具有两百多种不同的亚型，但受限于当前检测水平，并不能将所有亚型均进行检测。
因此，具有强直性脊柱炎家族史的人群仍应该警惕是否会出现持续性下腰痛，如有此类症状发生，应该尽早就诊，明确诊断。