核磁共振能够检查心脏，核磁共振特别是增强核磁共振，目前在临床上应用越来越为广泛，在心血管领域，已经成为诸多心血管疾病检查的金标准。相较于心脏彩超，心脏核磁共振受人为干预更小，而且检查也更为准确，能够评估心脏结构及功能异常，特别是对于某些心肌病变疾病，常是金标准的衡量办法，例如对于心室肥厚一类疾病，通常可以应用心脏增强核磁，判别心室肥厚具体病因。
对于区分肥厚型心肌病，以及高血压性心肌病等都有独特效果。此外，对于心肌炎患者，增强核磁也是诊断心肌炎的无创性金标准。如果在增强核磁上发现有心肌水肿，即可认为患者近期之内出现过心肌炎。对于缺血性心肌病患者，评估有无存活心肌等情况，应用增强核磁也是临床上的第一选择。