舌头底下疼可能是舌下的黏膜患有黏膜的溃疡。溃疡常由于进食了辛辣刺激性的食物，温度过高的食物或者质地坚硬的食物，这些物理和化学的刺激直接造成了舌黏膜的溃疡，导致黏膜出现红肿和溃烂，使舌头说话和吃东西时出现疼痛。
由于下前牙牙尖过于尖锐，口内有残根、残冠等牙体疾患，经常能够摩擦或者划伤舌底的黏膜，也会造成舌下黏膜的损伤或者创伤性的溃疡，导致舌底出现疼痛。由于舌下腺导管结石导致舌下腺堵塞，也会使舌底黏膜出现红肿和疼痛。如果口内出现了细菌感染、病毒感染或者白色念珠菌感染，也会导致舌下黏膜疼痛。