如果男性阴茎的根部疼痛的症状，可能有以下几个原因：
第一、如果阴茎在疲软的状态下感到疼痛，一般是由于尿道、膀胱以及前列腺的感染、炎症或者是结石等原因造成，比如尿道炎，患者的症状一般表现为排尿的时候或者是排尿结束的时候，出现阴茎内疼痛的症状，同时伴有尿频、尿急，患者的尿道外口有流白色或者是黄色分泌物的症状。如果是尿道内的结石，患者的症状表现为阴茎部疼痛、排尿困难、肉眼血尿等症状。如果是前列腺炎，一般表现为会阴部、下腹部、腹股沟部、阴茎以及阴囊等部位的坠胀、隐痛等症状，同时伴有尿频、尿急、尿痛等下尿路症状。
第二、如果阴茎在勃起的时候感到疼痛，一般是由于阴茎海绵体硬结症、尿道下裂、阴茎异常勃起或者是阴茎的外伤、炎症等原因造成。