黄连素片也叫小檗碱，对细菌只有微弱的抑菌作用，但对痢疾杆菌、大肠杆菌引起的肠道感染有效。
因此，黄连素片用于肠道感染，如胃肠炎，服药之后不良反应较少，偶见恶心、呕吐、皮疹、药物热，停药之后即可消失。
对于溶血性贫血患者及葡萄糖六磷酸脱氢酶缺乏患者，应禁用黄连素。含鞣质的中药与黄连素合用后，由于鞣质是生物碱沉淀剂，二者结合后会生成难溶性的鞣酸盐沉淀，会降低疗效。
在妊娠期前三个月应慎用黄连素，如服用过量或出现严重的不良反应时应及时就医。