早上睡觉起来腰疼可以由以下几种原因引起：
1、类风湿性脊柱炎，当类风湿累及的了脊柱是时，可以有晨起时腰部疼痛，常为酸痛的症状，在活动一会之后就能有所好转。这时要检查腰椎的X线片、CT以及血的化验来诊断；
2、强直性脊柱炎，强直性脊柱炎也可以有晨起时腰疼以及骶髂关节处的疼痛，常累及整个脊柱，这时要早期检查腰椎的核磁共振、X线片以及化验血来诊断和治疗；
3、腰背肌筋膜炎和腰肌劳损。这两种疾病常由于着凉、劳累而引起，可以有晨起之后或者是睡觉起来之后腰疼的症状，常为酸痛，在活动一会之后疼痛就能有所好转。这时要早期查体和检查，排除其他的疾病来诊断；
4、肾虚，肾虚也可以导致晨起时腰疼的症状，常伴有腰膝酸软的全身症状，这时要早期到中医科把脉诊断，早期口服补肾药物治疗。