肺CT检查有时不能直接确诊是肺结核，因为有些病灶和其他的肺部疾患相似，所以需要鉴别诊断，常常需要鉴别的应该和肺炎或者肺癌鉴别。肺炎时胸片会表现为密度较淡且较均匀的片状，或者斑片状阴影，抗菌治疗后，体温应该迅速下降，1-2周左右阴影有明显吸收，咯血时可以与支气管扩张鉴别。
支气管扩张患者清醒时胸片无异常或者仅见肺纹理增粗，典型者可见卷发样改变，CT，特别是高分辨CT能发现支气管扩张，常需要与肺癌鉴别。肺癌的胸部X线或CT表现是，肺癌肿块呈分叶状，有毛刺、切迹，癌组织坏死、液化后，可形成偏心厚壁空洞。