吸氧的并发症主要有两点，即长期高浓度吸氧可以导致氧中毒，氧中毒可能会导致球后结缔组织增生，导致突眼、肺不张。因为高浓度吸氧，当氧气被组织吸收后，局部会产生不同程度的肺不张，预防高浓度吸氧带来的并发症，主要是尽可能的预防长期吸入60%或60%以上的氧气，以最大限度的避免高浓度吸氧带来的一系列并发症。
吸氧第二个并发症是针对Ⅱ型呼吸衰竭的患者，Ⅱ型呼吸衰竭的患者有长期慢性的二氧化碳潴留，呼吸中枢的兴奋依赖于缺氧的兴奋。当高浓度吸氧或者高于40%左右的吸氧浓度，阻断了缺氧对呼吸中枢的兴奋，可能会导致呼吸中枢受抑制。患者的呼吸功能下降，导致二氧化碳潴留进一步加重。因此对不接受呼吸机治疗的Ⅱ型呼吸衰竭的患者，尽量避免高于40%以上的吸氧，以避免由于缺氧被阻断呼吸中枢被抑制，二氧化碳潴留进一步加重等。