打HPV疫苗月经停了两个月，应该尽早到医院去就诊，查找月经不来的原因，对症治疗。如果是育龄期的女性，又有性生活史，有可能因为怀孕所引起月经停止来潮，建议到医院完善血HCG及B超的检查，来确诊是否怀孕。
如果怀孕，而且胚胎发育好的情况下，可以继续妊娠，因为HPV疫苗是灭活疫苗，所以不会影响到孕妇及胎儿。但是如果未接种完的后期疫苗，就暂不要再接种了，待生完孩子以后再接种。如果是因为精神因素或者药物影响导致月经推迟，可以在医生的指导下调经治疗。