对于卵巢囊肿的治疗方法，推荐进行腹腔镜手术治疗，只有在患者有明确的严重的合并症，无法进行手术治疗时，在没有其他方法可以采用的情况下才使用卵巢囊肿穿刺手术。卵巢囊肿穿刺手术可以使囊内液外渗，如果为恶性肿瘤，可能会造成恶性肿瘤的播散。并且穿刺手术无法观察到卵巢囊肿周围的组织，在进行穿刺术时有可能会损伤到周围的脏器。
另外，穿刺手术并不能剔除囊肿的囊壁组织，所以并不能治疗卵巢囊肿，只使卵巢囊肿的体积缩小。所以标准的卵巢囊肿的治疗方法是行腹腔镜下卵巢囊肿剔除术，或者患侧附件切除术。
行腹腔镜下卵巢囊肿剔除术或者附件切除术可以彻底的治疗卵巢囊肿，并且可以取得囊壁组织送病理，明确卵巢囊肿的性质，指导下一步的治疗。