亚甲炎和甲状腺癌有本质的区别，亚甲炎也叫作亚急性甲状腺炎，是甲状腺的自身免疫性疾病，也就是甲状腺产生的自身抗体，从而导致甲状腺功能低下或者甲状腺功能亢进等情况，其本质属于良性疾病。
而甲状腺癌属于甲状腺的细胞发生恶性病变，变成恶性疾病，因此一旦发生恶性病变，甲状腺癌就可能出现局部的浸润性生长以及远处转移的情况，甲状腺癌容易形成肺转移，甚至脑转移、肝转移等情况。
亚急性甲状腺炎的主要治疗手段是内科保守治疗，而甲状腺癌最主要以手术切除术为主，根据切除的情况，决定术后是不是需要辅助放疗、化疗，或者靶向治疗等治疗手段。
因此亚甲炎和甲状癌时有本质的区别，一个属于良性病变，另一个属于恶性的病变。