两只眼睛瞳孔不一样大的原因如下：
1、正常情况：一般正常人的两个眼睛瞳孔会有一点差别，一般在2mm以下为正常，不需要特别治疗和关心。
2、阿迪瞳孔：有少量的中青年女性查不到任何病因，但是出现了单侧瞳孔的散大，叫阿迪瞳孔，不需要治疗，绝大多数可以慢慢自己恢复。
3、其他：两个瞳孔差超过2mm，而且为突然发生，有可能是因为动眼神经的问题，也有可能是因为青光眼或者是眼内炎症的问题，比如虹膜睫状体炎，也有可能是因为颅内的问题，导致视神经的改变，出现这些。