核磁共振检查颈椎主要查的是颈椎软组织，包括颈椎间盘、颈椎神经根和颈髓，以及脑脊液等方面的问题，通过它能够判断颈髓内是否存在异常信号，以及间盘是否压迫脊髓、神经的表现，它是作为CT的影像学方面辅助检查。
CT在原来主要是代替了核磁共振，既能检查骨骼方面，又能检查软性的脊髓或者间盘等，而核磁共振并不能够代替CT，有的时候包括颈椎间盘突出形成骨化，在核磁上与不骨化的时候，影像学一样，这个时候就涉及到用CT来鉴别，因为治疗方案以及手术方案完全不一样，所以不能完全代替。