头孢克肟胶囊属于第三代口服头孢菌素类药物，上市后的不良反应报告显示，此药的不良反应大多短暂而轻微。最常见的不良反应为胃肠道反应，包括腹泻、大便次数增多、腹痛、恶心、消化不良、腹胀，偶见患者出现皮疹、荨麻疹、药物热、瘙痒、头痛、头昏等不良反应。
实验室检查异常反应为一过性转氨酶、碱性磷酸酶、胆红素、血清肌酐的升高，还会有血小板和白细胞计数一过性减少，以及嗜酸性粒细胞增多等。头孢克肟胶囊属于处方药，必须在医生的指导下合理使用，不可以擅自更改用药剂量和疗程。如果正在服用其他药物，为防止发生相互作用可能会影响疗效，就诊时请告知医生。