输尿管结石治疗包括排斥治疗，适用于结石直径小于0.6cm的结石，表面光滑，无明显嵌顿和梗阻，停留局部少于两周，结石以下无输尿管梗阻。其他辅助治疗包括多饮水，多活动，使用α1受体阻滞剂、碱性聚盐酸盐、钙离子通道拮抗剂，以及中医中药治疗。
体外冲击波碎石的适应症包括无禁忌情况下，对于直径小于1cm的上段结石，首选体外冲击波碎石，大于1cm的结石在体外冲击波碎石和输尿管镜之间进行选择。对于大于1.5cm以上的结石，停留时间较长，体外冲击波碎石效果比较差。
对于直径小于1cm的下段，输尿管结石可选择体外碎石或输尿管镜，大于1cm的首选输尿管镜。输尿管软镜碎石的适应症是输尿管结石，尤其是输尿管上段结石伴输尿管扭曲，硬镜不能到达结石部位，肥胖患者伴有轻度出血不能停止抗凝药物的患者。
经皮肾主要是用于输尿管上段结石，体外冲击波碎石或输尿管逆行治疗失败的输尿管上段结石，包括尿流改道患者，结石长径在1cm以上的息肉包裹和梗阻较重合并肾结石，肾盂输尿管连接处狭窄，需要顺行经皮室，穿刺肾造瘘一并处理。