甲状腺切除术包括甲状腺全切除和大部分切除术，全切除术适用于甲状腺癌以及恶性的淋巴瘤，大部分切除适用于压迫气管、食管的单纯性甲状腺肿、结节性甲状腺肿，伴有甲状腺功能亢进症，或者是有胰恶性变者，还有较严重的甲状腺功能亢进症，经过药物治疗一年左右无效者。
对于以下情况是不宜采用手术治疗，如青年人伴弥漫性的甲状腺肿、手术后复发的病例、有其它严重疾病的患者、甲状腺未分化癌同时伴有淋巴结转移的患者、甲状腺癌与气管和颈部大血管粘连的患者。