霉菌性鼻窦炎的手术方式，目前多采用鼻内窥镜下微创手术治疗，麻醉方式多数采用全麻，因此手术过程并不痛苦，手术后由于是鼻内窥镜下微创手术治疗，所以手术后也不会有太大的痛苦。
当然，霉菌性鼻窦炎在临床上分好多类型，通常分为侵袭性和非侵袭性。对于侵袭性的霉菌性鼻窦炎，由于疾病本身破坏性比较强，会破坏周围的骨质，因此手术后创伤比较大。另外，还需要配合其他的抗霉菌的手段来进行治疗。
对于非侵袭性的真菌性鼻窦炎，通常通过鼻内窥镜手术，可以达到一个很好的治疗效果。这一类手术本身创伤比较小，手术中是全麻，没有什么痛苦，手术后也不会有太不舒服的地方。因此，霉菌性鼻窦炎手术并不是很痛苦，尤其是非侵袭性的霉菌性鼻窦炎，手术后痛苦小。