脓毒症的治疗疗程多数情况下在3周以上，或是发烧和症状完全消失之后，再巩固治疗7-10天的时间。
对于脓毒症的患者，若有其他部位的脓肿，如皮肤脓肿、肝脓肿，或有心包的脓肿、肺脓肿，还需要及时的切开引流，否则脓毒症的时间会延长。如果脓毒症是由于体内插入了一些导管，比如导尿管，静脉留置的导管，由于这些导管感染引起的脓毒症，还需要及时更换新的导管，或者拔除这些导管，否则脓毒症的疗程还要延长。如果是由于人工关节或者人工的假体导致的脓毒症，疗程要明显的延长到6周以上，而且人工的关节或者假体还需要去除。
从上述可以看出此病的治疗关键在于积极控制或去除原发感染，脓毒症患者要注意卧床休息，减少体力消耗。保持室内空气流通，饮食上以清淡、高蛋白为主。