在临床上比较常见的甲状腺相关疾病有甲状腺功能亢进症、甲状腺机能减退症，以及甲状腺炎，甲状腺炎包括自身免疫性的甲状腺炎，就是平时常说的桥本甲炎，还可以有亚急性的甲状腺炎。甲状腺炎是一个甲状腺的病毒感染。
另外，甲状腺功能可以不出现没有问题，比如甲状腺结节，即甲状腺上出现异常的组织，但是甲状腺的功能没有受影响。甲状腺结节分良性、恶性，如果是恶性的结节，则属于甲状腺癌。甲状腺的不同疾病，在治疗方法上也有很大差别。