如果患者和医生在检查的时候完全遵守检查流程，垂体的核磁共振对人体没有什么危害，因为核磁共振本身是一种比较安全的影像学检查方式，主要是利用氢原子核在外加磁场的作用下运动而进行成像，所以对人体并没有辐射，也没有其他的损伤，是一种极其安全的影像学检查方式。
核磁共振对软组织的分辨率比较高，所以对垂体的疾病显示的更加清晰一些，相对于CT还可以对垂体进行多方面，以及多序列的成像，所以所获得的影像学信息也更加完善一些，诊断的结果也更准确。