婴儿喉咙长疱疹要进行抗病毒治疗、对症治疗和一般的治疗。首先要保持口腔的清洁，多饮水，禁止用刺激性的药物，局部可涂抹疱疹净抑制病毒，并可喷洒西瓜霜、锡类散等，为预防继发细菌感染，可涂抹2.5%-5%的金霉素鱼肝油。
疼痛严重者可在用餐前用2%的利多卡因涂抹局部以止痛，吃的食物要变成稍微的温或者是凉的流质为宜，太热的容易引起局部疼痛。发热的时候可用退烧剂，也可用物理降温。可行全身抗病毒的治疗，也就是口服抗病毒的药物就可以，抗生素不影响病程，如果有继发感染者可以应用抗生素的治疗，一般病程7-10天左右。