直肠黏膜的慢性炎症具体的治疗方式，一般要找到相对应的病因，根据不同的病因采取针对性的治疗措施。如果直肠黏膜的慢性炎症是由于细菌感染引起的，建议积极的抗炎对症处理，最好做便常规加粪便的培养以及药敏试验，根据药敏试验的结果采取敏感的抗生素进行对症治疗。
如果直肠黏膜的慢性炎症是由于溃疡性结肠炎等炎症性肠病导致的，可以选用柳氮磺胺嘧啶类、激素类，以及免疫抑制剂等进行对症处理。如果直肠黏膜的慢性炎症是由于条件致病菌引起的，或者是病毒感染引起的，建议积极抗病毒以及抗真菌的对症治疗。