囊肿是一种先天性疾病，一般囊肿不会对机体产生任何危害和影响。对于囊肿而言，部分可以随着人体的增长和年龄的增高，大小可以发生改变，对脏器和组织的功能影响不大。部分囊肿靠近组织的边缘，可以因为运动、工作、生活中的碰撞和挤压会出现一定的危险性，如肝囊肿靠近肝脏表面的时候，可以因为活动、运动、创伤而使囊肿破裂，产生潜在的危险性。
因此在治疗上，如果囊肿的位置不影响功能和组织器官的状态，可以不处理。对于具有潜在危险性的囊肿可以采用介入治疗的方法进行干预，对于体表的囊肿可以采用激光、冷凝剂或者其他消融的方法进行治疗。