睡醒了以后肚子出现疼痛，首先要根据疼痛的位置考虑不同的疾病。
如果是上腹部或者肚脐周围出现疼痛，有可能是胃溃疡或者十二指肠溃疡引起的，常见的是高胃酸性的胃溃疡以及十二指肠溃疡。在夜间，胃肠道内的食物消化完了之后，胃内会分泌胃酸，如果是胃窦部的溃疡或者十二指肠球部的溃疡，在胃酸的作用下会出现明显的疼痛，患者有时候会被痛醒，可以行胃镜的检查进行明确。
如果能够发现胃窦及十二指肠有溃疡性的病变，需要口服药物来进行治疗，比如口服奥美拉唑、克拉霉素、阿莫西林，并且在一个月之后行胃镜复查。
如果是右下腹出现疼痛，有可能是阑尾炎引起的，需要查血常规了解白细胞的情况，以及行阑尾超声检查。如果能够发现阑尾肿胀，周围有渗出，甚至阑尾腔内有粪石嵌顿的时候可以明确，明确之后建议行腹腔镜阑尾切除手术。