先天性心脏病手术的最佳时机取决于先天性心脏病的类型，要根据不同先天性心脏病的类型，分析其最佳手术时机。
常见的房间隔缺损或者室间隔缺损的手术时机往往是在0.5-2岁之间，主要还是根据孩子的体重，一般他的体重要求到5kg以上，动脉导管未闭的患儿在早产儿期就可以进行手术。一些比较复杂的先天性心脏病如法洛四联症的手术的最佳时机是在6个月左右，完全性房室隔缺损手术的最佳时机是在0.5-1岁，完全性大血管转位的手术时机就比较早，往往是在生后的两周之内。还有完全性肺静脉异位引流，也需要在生后一个月之内进行手术，这些大致就涵盖了各类先天性心脏病的手术时机。
术后尽量避免宝宝的活动以及避免呼吸道感染，以免影响手术后的恢复，可以定期去医院复查心脏B超等，查看手术后的效果。先天性心脏病小儿手术后饮食以高蛋白、高热量、易消化的均衡饮食为主，手术后切忌暴饮暴食，尽量避免摄取过多的盐分以及味精。