胃肠功能紊乱又称功能性胃肠病，以功能性消化不良和肠易激综合征最为常见。对于功能性消化不良，目前尚无特效药物，主要是经验性治疗：
1、抑制胃酸，适用于以上腹痛、上腹灼热感为主要症状的患者，可选择H2受体拮抗剂或质子泵抑制剂。
2、促胃肠动力药，适用于以餐后饱胀，早饱为主要症状的患者，可分别选用多潘立酮、莫沙必利或伊托必利。对疗效不佳者，抑制胃酸药和促胃肠动力药可换用或合用。
3、助消化药，消化酶制剂可作为治疗消化不良的辅助用药，改善与进餐相关的上腹胀、食欲差等症状。
4、抗抑郁药，上述治疗疗效欠佳，而伴随精神症状明显者可试用。
肠易激综合症的治疗，一般治疗包括建立良好的生活习惯，饮食上避免诱发症状的食物，高纤维食物有助改善便秘，对伴有失眠、焦虑者可适当给予镇静药，药物治疗可给予：
1、解痉药，匹维溴铵为选择性作用于胃肠道平滑肌的钙通道阻滞剂，对腹痛有一定疗效。
2、止泻药，洛哌丁胺或地诺酚酯止泻效果好，适用于腹泻症状较重者，但不易长期使用。
3、泻药，对便秘型患者酌情使用泻药。
4、抗抑郁药，对腹痛症状重、上述治疗无效，且精神症状明显者可试用。
5、肠道微生态制剂，如双歧杆菌、乳酸杆菌等等，可纠正肠道菌群失调。