患者早晨起来眼睛充血，有以下几种可能：
一、结膜炎：临床包括细菌性结膜炎、病毒性结膜炎等，具体情况如下：
1、细菌性结膜炎：主要是由于细菌感染所导致的结膜炎症，眼睛通常会表现为充血、脓性分泌物增多等症状。
2、病毒性结膜炎：主要是因为抵抗力下降，病毒侵袭结膜，导致结膜发生炎症，患者通常表现为结膜充血、眼部水样分泌物增多。
二、葡萄膜炎：
指葡萄膜本身的炎症，通常是因为免疫性疾病所引起，也可因为感染而引起，患者可以表现为眼睛充血、畏光、疼痛等症状。