增强CT的副作用主要表现为造影剂的不良反应，增强对身体的辐射。造影剂的不良反应比较少，有的患者可能在注入造影剂后出现呕吐、胃肠道反应、心悸、寒战、荨麻疹，严重的也有可能出现休克甚至死亡。
由于所用的造影剂都是碘剂，对于有碘过敏史或者过敏体质的病人，有严重的心肝肾疾病、糖尿病、甲亢的病人，在做增强时一定要谨慎，以免导致不必要的损伤。
因为增强CT利用的是X线，而且需要做三次扫描，分别为平扫、动脉期扫描以及静脉期扫描，导致患者所接受的辐射量成倍增加，但是基于诊断的需要，辐射的量都在国家规定的安全范围内。