针对婴儿囟门凹陷的处理，要根据引起的原因做相应的治疗，具体如下：
第一、常见婴儿有脱水的现象，比如进食少，又伴有疾病的状态，如发热、频繁呕吐、大量腹泻，丢失大量的水分而引起脱水的现象，先口服补充水电解质。如果口服难以进行时，可采用静脉点滴给予补充电解质。同时，要积极治疗原发疾病，处理发热，给予退烧处理，呕吐、腹泻可予止吐、止泻以及调节胃肠功能处理。
第二、可能是宝宝由于长期喂养不当，或者由于疾病而引起的营养不良、消瘦，可能会出现囟门凹陷，要针对疾病给予调节营养、补充营养。
第三、可能是因为某些疾病需要降低颅内压时，大量的使用了脱水剂而导致的囟门凹陷，要给予水电解质的补充。
第四、可能是由于婴儿存在脑脊髓液、大脑血液循环的异常而出现囟门凹陷，这种情况需要在医生的指导下做相关性检查，明确诊断后给予相应的治疗、处理。