脑部的大多数疾病，核磁共振的检查要优于CT的检查。因为核磁共振的检查更清晰，特别是后颅窝的病变，当CT检查时因为有颅底颅骨的伪影，对脑干和小脑有可能会存在一部分伪影的现象，所以对于一般的病变的检查核磁共振更好，但是对于急性的脑出血，核磁共振就没有CT敏感。
目前很多医院的核磁都有磁敏感成像，对于脑部出血磁敏感成像的效果和CT基本上可以持平。但是有很多医院的磁共振没有磁敏感的检查，所以对于脑出血的早期的检查存在弱势。建议病人如果是突发的疾病，先查头部CT排除脑出血之后，再进一步的查头部核磁进行确诊。