大部分支原体感染并不严重，支原体可以同时感染咽炎、支气管炎和肺炎，主要见于儿童和青少年，在成人也比较常见。支原体肺炎大部分症状比较轻，刺激性干咳是最典型的症状，可同时伴有低热、乏力、咽痛、肌肉酸痛等，很少出现呼吸困难。
成人有50%的支原体肺炎不经治疗可自愈，早期使用大环内酯类抗生素，或喹诺酮类抗生素，可以减轻症状、缩短病程。支原体累及儿童或老年人时，部分患者可以出现重症肺炎和严重的并发症，如脑膜炎、脊髓炎、心肌炎、心包炎，以及免疫性溶血性贫血和肾炎，这种情况会因严重并发症而导致死亡。