男性生殖器起疱疹的原因主要是感染了单纯疱疹病毒，生殖器疱疹是一种常见的性传播疾病，通过直接的性行为性接触，感染上单纯疱疹病毒而引起。单纯疱疹病毒分为1型和2型，其中2型主要是引起生殖器疱疹。
疱疹病毒通过接触，进入到皮肤细胞当中，引起疱疹的病变。然后会进入到神经节内潜伏起来，躲避系统的免疫监视。当机体免疫力下降的时候，可以再次的复发，这样就导致生殖器疱疹的反复发作。一般发作的诱因，比如劳累、酗酒、感染、发烧，或者局部刺激等，都有可能诱发生殖器疱疹的复发。