卵巢囊肿多是在超声检查时或者其他影像学检查时发现附件区囊性病变，这种囊肿可以结合临床表现及妇检的情况进行具体的分析。有一些囊肿有痛经、性交痛伴有不孕的病史，妇检时发现与子宫紧密粘连，活动受限并且有压痛，多数是卵巢的巧克力囊肿。
如果是发生在怀孕的早期或者葡萄胎后，一侧或者双侧的卵巢黄素囊肿，一般不超过8cm，活动度可，多为单侧或者双侧，这样的卵巢巧克力囊肿在妊娠终止后就会自然的消失。如果是表面光滑的、囊性感强的、可活动的都是卵巢的赘生性良性囊肿。如果活动受限，多是卵巢的赘生性的恶性囊肿。